KPPBC TMP C Jagoi Babang pada awalnya merupakan pos bantu pengawasan dari Kantor Bea Cukai Sintete. Pos bantu pengawasan ini didirikan pada tahun 80an untuk mengawasi jalannya perdagangan barang di wilayah perbatasan Indonesia-Malaysia di Jagoi Babang sebagaimana diatur dalam Border Trade Agreement tahun 1970 dan Border Crossing Agreement tahun 1967.

Seiring dengan berjalannya waktu dan meningkatnya volume perdagangan perbatasan, maka pada tahun 2007, pos bantu tersebut dinaikan statusnya menjadi sebuah Kantor Bea Cukai yang mandiri yang diberikan status sebagai Kantor Bea Cukai Tipe B. Sekitar tahun 2011, status Kantor Bea Cukai Jagoi Babang kembali dinaikan menjadi Kantor Tipe Pratama dan mulai tahun 2016 berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 188/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, hingga saat ini, Kantor Bea Cukai Jagoi Babang ditingkatkan tipenya menjadi KPPBC Tipe Madya Pabean C yakni Kantor setingkat Eselon III.